Согласно официальному сообщению Генпрокуратуры, Михаилу Ходорковскому предъявлено обвинение по семи статьям УК РФ: 159-3 (хищение чужого имущества путем обмана в составе организованной группы в крупном размере), 315 (злостное неисполнение вступившего в законную силу решения суда представителями коммерческой организации), 165-3 (причинение имущественного ущерба собственникам путем обмана, при отсутствии признаков хищения, совершенное организованной группой, в крупном размере), 199-2 (уклонение от уплаты налогов с организации в особо крупном размере, группой лиц по предварительному сговору, неоднократно), 198-2 (уклонение физического лица от уплаты налога или страхового взноса в государственные внебюджетные фонды, совершенные в особо крупном размере), 327-2 (подделка официальных документов, совершенная неоднократно) и 160 (растрата чужого имущества).

«Ходорковский обвиняется в том, -- говорится в сообщении Генпрокуратуры, -- что, будучи председателем совета директоров ОАО КБ «МЕНАТЕП», совместно с президентом этого банка Лебедевым и другими лицами летом 1994 года организовали мошенническое завладение 20% акций ОАО «Апатит». Они ввели в заблуждение работников фонда имущества Мурманской области, администрацию области и руководство ОАО «Апатит», гарантируя, что при продаже подконтрольному КБ «МЕНАТЕП» АОЗТ «Волна» 20% акций за 415 803 тыс. неденоминированных рублей в течение двух лет внесут инвестиции в развитие самого предприятия и города Кировска на 563,17 млрд рублей (или 283 млн долл. США). Рыночная стоимость 20% пакета акций равнялась 556,9 млрд рублей".

Лебедев, пишут следователи, по прямому указанию Ходорковского выдал «Волне» гарантийное письмо о том, что банк «МЕНАТЕП» гарантирует выполнение фирмой условий инвестиционного конкурса на 283 млн долл. При этом Ходорковский и Лебедев заведомо знали, что таких денег у «Волны» нет.

В результате, по версии следствия, пакет акций «Апатита» был продан по номинальной стоимости «Волне», руководство которой по указанию Ходорковского продало его другим структурам, подконтрольным «МЕНАТЕПу». Они же, в свою очередь, продали акции подконтрольным банку иностранным компаниям. По данным следствия, уже в 1996 году в собственности «Волны» ни одной акции ОАО «Апатит» уже не было, в связи с чем стало невозможным исполнить решение суда об их возврате государству.

Следствием также установлено, что Ходорковский и Лебедев, фактически руководя ОАО «Апатит» с 2000 по 2002 год, сбывали продукцию комбината по заниженным ценам зарубежным фирмам, подконтрольным ЮКОСу. Последние перепродавали продукцию на мировом рынке по ценам, в два раза превышающим отпускную цену комбината. Полученные в результате денежные средства Ходорковский и Лебедев присвоили. В результате чистая прибыль ОАО «Апатит» была занижена на сумму свыше 6 млрд руб. (200 млн долл.), а акционерам, в том числе и государству, являющемуся собственником 20% пакета акций, был причинен крупный ущерб.

Кроме того, Ходорковский и Лебедев как основные акционеры и фактические руководители ЮКОСа в 1999--2000 гг. совершили уклонение от уплаты налогов и мошенническим путем завладели бюджетными средствами. Для этого они создали организованную группу из работников компании и подконтрольных ей фирм. Действуя через подставные юридические лица, зарегистрированные в зонах с льготным налогообложением, это группа организовала сбыт нефти и нефтепродуктов предприятий, входящих в ЮКОС.

Вместе с тем в нарушение налогового законодательства Ходорковский и Лебедев, уклоняясь от уплаты налогов, производили оплату налоговых платежей не денежными средствами, а векселями НК «ЮКОС». Таким образом, всего за 1999--2000 гг. ЮКОС недоплатил свыше 17 млрд руб. (556 млн долл.).

Ходорковский и Лебедев, продолжают прокуроры, зная, что уплату налогов с организации не производили, а в счет налоговых платежей незаконно передали векселя ЮКОСа, обманным путем обеспечили получение в федеральном казначействе средств под видом возврата переплаты налогов. Всего таким путем ими похищено бюджетных денег на 407 млн руб. (13,5 млн долл.).

Обвиняется Ходорковский и в том, что как физическое лицо в 1998--1999 гг. уклонился от уплаты 53 млн руб. (1, 7 млн долл.) налогов. Он оформил заведомо подложные документы о том, что якобы оказывал консультационные услуги иностранной компании, и незаконно получил патент частного предпринимателя. Не выполняя этой работы, Ходорковский получил 142 млн руб. вознаграждения и уклонился от уплаты налогов и страховых взносов.

В Генпрокуратуре отметили, что на сегодня сумма ущерба, причиненная действиями Ходорковского и Лебедева, составляет более 1 млрд долларов.