2 июля по обвинению в мошенничестве в особо крупном размере, причинении имущественного ущерба государству, уклонении от уплаты налогов и неисполнении судебного решения Генпрокуратурой был задержан председатель совета директоров ЗАО МФО «МЕНАТЕП», соучредитель ЮКОСа Платон Лебедев. Его обвинили в мошенничестве при покупке в 1994 году акций мурманского ОАО «Апатит». Тогда же выяснилось, что уголовное дело, ставшее сейчас в эпопее ЮКОСа «основным» -- о хищении и уклонении от уплаты налогов структурами, подконтрольным НК «ЮКОС», -- было возбуждено 20 июня. Одновременно еще одно дело было возбуждено по результатам проверки обращения депутата Госдумы коммуниста Николая Дайхеса, который обратил внимание генпрокурора Устинова на факт уплаты в 1999 году фирмами, подконтрольными ЮКОСу, налогов в бюджет ЗАТО «Лесной» Свердловской области векселями ЮКОСа. По мнению прокуроров, такая схема противоречила закону. Расследование в отношении главы «МЕНАТЕПа» было позже выделено в отдельное производство и завершено в рекордные сроки -- всего за два месяца. По сообщению Генпрокуратуры, сейчас г-н Платонов знакомится с материалами следствия, и вскоре его дело будет передано в суд. В рамках «основного» дела ЮКОСа 3 и 9 октября сотрудниками Генпрокуратуры были проведены обыски в бизнес-центре компании в подмосковном поселке Жуковка. В прошлый четверг, 23 октября, в ходе этого же расследования был проведен обыск в офисе московского Агентства стратегических коммуникаций (АСК), являющегося одним из основных партнеров по информационному и аналитическому обеспечению предвыборного штаба партии «Яблоко».

Через несколько дней после ареста Платона Лебедева представители Генпрокуратуры сообщили о расследовании уголовного дела в отношении начальника 4-го отдела службы внутренней и экономической безопасности ЮКОСа Алексея Пичугина. Как выяснилось, на самом деле он был арестован еще 19 июня. Основным пунктом обвинения послужила информация, что г-н Пичугин в ноябре 2002 года организовал в Тамбове похищение и убийство предпринимателя Сергея Горина и его жены Ольги. Также г-н Пичугин обвиняется в покушении на убийство в 1998 году главы управления информации мэрии Москвы Ольги Костиной. После того как Ольга Костина, некоторое время проработав в отделе по связям с общественностью «МЕНАТЕПа», уволилась со скандалом, у дверей ее квартиры была взорвана бомба. А Горин, по версии следствия, знал о готовящемся взрыве и начал шантажировать Пичугина.

3 июля представители Генпрокуратуры объявили, что ими расследуется еще одно дело, связанное с компанией ЮКОС, -- о совершенных еще в 1998--1999 годах двух покушениях на главу представительства австрийской нефтяной компании «Ист Петролеум Хандельсгез» (ИПХ) Евгения Рыбина. За этими преступлениями, по версии прокуратуры, скрывался конфликт между компанией Рыбина и ЮКОСом, который якобы отказался исполнять договорные обязательства.

В июле же Генпрокуратура объявила о расследовании еще нескольких дел, так или иначе связанных с ЮКОСом: по факту расстрела в июне 1998 года главы администрации города Нефтеюганска Тюменской области Владимира Петухова и покушения на его охранника, по факту убийства в декабре 1998 года в Нефтеюганске предпринимателя Николая Филиппова и по факту убийства в октябре 1998 года гендиректора ЗАО «Томск-Нефть-Восток» Александра Берлянда.

17 октября 2003 года акционер ЮКОСа, бывший управделами московской мэрии, гендиректор компании «ЮКОС-Москва» Василий Шахновский был вызван в Генпрокуратуру и после двухчасового допроса вышел из здания уже в качестве обвиняемого, дав подписку о невыезде. Г-на Шахновского обвиняют в том, что в период с 1998 по 2000 год он лично недоплатил в бюджет 29 млн руб. налогов.