Взаимоотношения церкви и музеев в последнее десятилетие всегда отмечались большими сложностями. Как только начался массовый возврат культовых сооружений их первоначальным владельцам, обитавшие в советское время в этих зданиях историки, краеведы, искусствоведы зачастую оказывались на улице. РПЦ очень ревностно требовала срочного возврата храмов верующим и при этом совершенно не интересовалась вопросом о том, куда переезжать музейщикам. По всем законам муниципальные власти обязаны предоставлять выселенцам новые помещения. Но на практике добиться этого крайне сложно. В частности, этого не удается сделать ни находящемуся в Москве одному из крупнейших в России реставрационному институту ВХНРЦ им. Грабаря, ни Государственному музею изобразительных искусств им. Пушкина, ни Российской государственной библиотеке. Все эти учреждения занимают до сих пор ряд культовых сооружений. Добиться же защиты своих прав менее известным организациям культуры практически нереально.

Впрочем, помимо имущественного встает и еще более сложный вопрос -- раздел художественного наследия. Многие иконы, фресковые росписи требуют как соблюдения климатических условий хранения, так и изучения историками искусства. Церковь же стремится абсолютно все вернуть себе.

Споры и конфликты между «физиками» (учеными) и «лириками» (духовенством), как правило, развиваются всегда одинаково. Музейщики обвиняют церковь в полном неуважении к историческому наследию и утверждают, что несоблюдение условий хранения художественных ценностей священниками непременно приведет к их быстрому разрушению. Церковники неустанно напоминают о том, что иконы и храмы созданы не столько для эстетического наслаждения, сколько для духовного окормления паствы. Но, как известно, практически все искусствоведы, специализирующиеся на древнерусском искусстве, являются верующими людьми и с большим пиететом относятся к духовным ценностям. А церковные власти далеко не всегда отказываются соблюдать те самые пресловутые условия хранения древних икон, фресок и архитектурных сооружений.

Кстати, известны и случаи симбиоза, когда духовенство и светские исследователи существуют в мире друг с другом. Так, к примеру, тесно переплелись в своей совместной жизни Музей Андрея Рублева и Спасо-Андроников монастырь. На работе в музее остались только верующие люди, регулярно ходившие на исповедь к местному батюшке. Но недавно и Музей Рублева все-таки решили выселить.

В случае со ставропигиальным Соловецким мужским монастырем конфликт также носит сугубо идеологический характер. Монахов нельзя упрекнуть в неуважении к истории ГУЛАГа. РПЦ считает сегодня этот монастырь одной из важнейших святынь на территории России именно из-за того, что это место мученической смерти многих невинных людей. Здесь регулярно проводятся памятные молебны, принимаются родственники бывших узников Соловецких лагерей особого назначения. Но просто туристы, увлекающиеся историей, монастырю действительно не нужны. Да и сохранение материальных памятников лагерного быта отходит на второй план. С точки зрения вечности и души это не столь важно.