Десятки миллиардов рублей потеряла казна из-за несовершенства системы кредитования сельского хозяйства. Согласно отчету Счетной палаты, общий ущерб от системы государственных гарантий при кредитовании в 1996--1998 гг. (компании под гарантии Министерства финансов брали кредиты у коммерческих банков на закупку зерна и другой сельхозпродукции) составил 16--19 млрд рублей без учета инфляции и изменения курса рубля после кризиса 1998 г. С учетом всех этих факторов сумма ущерба составляет 80--90 млрд рублей.

Аудитор СП Сергей Опенышев заявил Интерфаксу, что большинство коммерческих структур, получивших кредиты банков под гарантии Минфина на закупку у сельхозпроизводителей зерна и другой сельхозпродукции в 1995 г., а также на закупки сахара-сырца в 1996 г., не смогли своевременно рассчитаться с кредиторами. Таким образом, за счет аграрного бюджета организациям-должникам фактически были предоставлены бессрочные и беспроцентные ссуды. Кроме того, Минфин был вынужден гасить кредиты за счет бюджетных средств АПК. В 1995--1997 гг. на эти цели было направлено 7637 млрд рублей, предназначенных для бюджетного финансирования АПК. В частности, только за январь--май 1996 г. (в период подготовки к весеннему севу) на погашение кредитов из аграрного бюджета было изъято 3,5 млрд рублей, или 50% от годового объема финансирования.

Кроме того, Минфин и Минсельхоз практиковали так называемое нетрадиционное финансирование: вместо денег в регионы направлялись семена, удобрения, техника, горюче-смазочные материалы. Схема использовалась следующая: некий завод, задолжав госказне, предлагал правительству рассчитаться с бюджетом не деньгами, а техникой (предприятие при этом старалось как можно сильнее завысить стоимость своей техники). В свою очередь Минфин и Минсельхоз, не имея денег на финансирование по линии АПК регионов (деньги были изъяты на оплату кредитов), отправлял туда эту технику. Замена денежного финансирования поставкой продукции, по словам г-на Опенышева, привела к тому, что из-за завышения цен на эту продукцию объем реального финансирования сокращался более чем на 30%. Кроме того, получатели продукции несли дополнительные расходы за счет оплаты расходов на ее поставку, НДС, комиссионных и т.д. Аудиторы СП особо подчеркивают, что ни Минфин, ни Минсельхоз не разработали нормативных документов по "нетрадиционному" финансированию АПК, в частности, по порядку заключения соглашений, установлению цен, компенсации различных расходов.

Эти данные содержатся в отчете палаты «Об итогах проверки полноты и своевременности финансирования из федерального бюджета в 1996--1999 гг. нетрадиционными методами сельхозпроизводителей в Минсельхозе, ОАО «Россахар», ОАО «Росхлебопродукт», государственном унитарном предприятии «Федеральное агентство по регулированию продовольственного рынка при Минсельхозе России» и в отдельных регионах». Если же регионы отказывались от заключения договоров на получение продукции должников, их финансирование из бюджета фактически не проводилось.