В сентябре 2003 года во время визита в США президент России Владимир Путин встретился с первоиерархом РПЦЗ митрополитом Лавром и членами Синода РПЦЗ и передал им приглашение от Патриарха Московского и всея Руси Алексия II посетить Россию и наладить диалог.

17 ноября 2003 года в Москву на встречу с патриархом Алексием II прибыли с официальным визитом архиепископ Берлинский и Германский Марк, архиепископ Сиднейский и Австралийско-Новозеландский Илларион и епископ Сан-Францисский и Западноамериканский Кирилл. Виднейшие иерархи РПЦЗ не в первый раз посещали российскую столицу, но этот визит состоялся по официальному приглашению патриарха и благословению главы зарубежной церкви митрополита Лавра. 18 ноября 2003 года состоялась закрытая встреча приехавших епископов с членами Священного синода РПЦ. 19 ноября 2003 года в патриаршей резиденции в Московском Даниловом монастыре завершился второй, расширенный раунд переговоров патриарха Алексия II с архиереями РПЦЗ. В нем приняли участие все члены зарубежной делегации и члены Священного синода РПЦ. Участники встречи обсудили проблемы сближения Русской православной церкви и зарубежной церкви, а также создали комиссии для работы над проблемами, мешающими объединению. Со стороны делегации РПЦЗ «выражена просьба простить за все резкие высказывания в адрес Московского патриархата».

13--17 декабря 2003 года РПЦЗ провела Архиерейский собор, главной темой которого стала дальнейшая судьба зарубежной церкви и пути ее сближения с церковью в отечестве. В преддверии собора патриарх Алексий II направил его участникам специальное послание с призывом преодолеть трагическое разделение между двумя частями Русской православной церкви. Одновременно он выразил покаяние за те слова и дела, которые не содействовали примирению. Собор принял обращение к пастве и утвердил текст ответного послания Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II.

С 14 по 28 мая 2004 года состоялись визит делегации РПЦЗ и переговоры двух первосвятителей, глав Русской православной церкви Московского патриархата патриарха Алексия II и Русской православной церкви за границей митрополита Лавра. На переговорах было признано необходимым продолжать общее научно-историческое изучение церковных событий ХХ века, в особенности подвига святых новомучеников и исповедников российских и опыта существования церкви в условиях гонений. Итоговый визит патриарха Алексия и митрополита Лавра к президенту Владимиру Путину, который принимал их в Ново-Огареве, укрепил переговорный процесс.

С 22 по 24 июня 2004 года в Отделе внешних церковных связей Московского патриархата на территории Свято-Даниловского монастыря в Москве состоялась первая рабочая встреча комиссий РПЦ и РПЦЗ. После июньской встречи было объявлено об урегулировании имущественных разногласий. Было объявлено, что в числе прочих подготовлен проект документа «О каноническом статусе Русской зарубежной церкви как самоуправляемой части поместной Русской православной церкви». Документы, выработанные в ходе встречи, были одобрены 5 июля 2004 года на заседании Архиерейского синода Русской зарубежной церкви в Сан-Франциско, а 17 августа 2004 года -- на заседании Священного синода Русской православной церкви в Москве. Кроме того, Синод РПЦ призвал прекратить судебные дела между двумя частями русской церкви и активизировать паломническую, издательскую и иную совместную деятельность священнослужителей и мирян.

С 14 по 16 сентября 2004 года в помещениях Собора новомучеников и исповедников российских РПЦЗ в Мюнхене состоялась вторая рабочая встреча комиссий Московского патриархата и Русской зарубежной церкви. Итогом двух совместных заседаний стали согласованные проекты документов, затрагивающих весь круг порученных комиссиям вопросов, в частности об отношениях церкви и государства, об отношениях православия с неправославными общинами и межконфессиональными организациями, о каноническом статусе Русской зарубежной церкви как самоуправляемой части поместной Русской православной церкви, а также и о преодолении канонических препятствий к установлению евхаристического общения. В соответствии с достигнутой договоренностью, утвержденной решениями Священного синода РПЦ (20 апреля 2005 года) и Архиерейского синода РПЦЗ (23 мая 2005 года), комиссией Московского патриархата по диалогу с Русской зарубежной церковью и комиссией РПЦЗ по переговорам с Московским патриархатом совместно было выработано четыре документа:

1. О совместной работе комиссий Московского патриархата и Русской зарубежной церкви.

2. Об отношении православной церкви к инославным вероисповеданиям и межконфессиональным организациям.

3. Об отношениях церкви и государства.

4. Комментарий к совместному документу "Об отношениях церкви и государства".

21 июня 2005 года на официальных сайтах Отдела внешних церковных связей Московского патриархата и РПЦЗ одновременно были опубликованы документы встречных комиссий по диалогу Московского патриархата и Русской православной церкви за границей о восстановлении церковного единства.

12 мая 2006 года IV Всезарубежный собор в Сан-Франциско принял резолюцию о восстановлении евхаристического общения с церковью в отечестве. Резолюция была принята открытым голосованием почти единогласно. Против высказались менее 5% участников собора.

1 ноября 2006 года. Руководители согласительных комиссий РПЦ и РПЦЗ подписали в Кельне Акт о каноническом общении. Церковным дипломатам удалось достичь важнейших договоренностей. Зарубежные епископы получили право участвовать в архиерейских соборах и заседаниях Священного синода РПЦ. При этом РПЦЗ сохраняет автономию в хозяйственных, имущественных и просветительских вопросах. Острые вопросы, мешающие объединению, например отказ высшего российского духовенства покаяться за годы сотрудничества с советской властью, были в документе обойдены стороной. Участие РПЦ во Всемирном совете церквей комиссии сочли допустимым, поскольку, как говорилось в документе, «Московский патриархат рассматривает эту организацию лишь как форум». На решение вопросов со священнослужителями, которых в России считают отступниками и раскольниками, и со спорными приходами отвели дополнительно пять лет.

1 февраля 2007 года. В Свято-Даниловом монастыре в Москве в ходе переговоров с делегацией РПЦЗ, которую возглавлял главный архиепископ Берлинский и Германский Марк, назначена дата торжественного подписания Акта о каноническом общении. Заключение союза было решено приурочить к празднику Вознесения Господня.