С 1 февраля 2005 года Папа Римский, страдающий целым списком тяжелых недугов, большую часть времени провел в больнице «Джемелли». Организм 84-летнего понтифика не перенес осложнений после гриппа на фоне болезни Паркинсона. К тому же из-за начавшегося острого ларинготрахеита со спазматическими явлениями врачам пришлось сделать Иоанну Павлу II трахеотомию, чтобы дать ему возможность дышать.

13 марта он вернулся в Ватикан, хотя был сильно ослаблен болезнью. Впервые за четверть века Папа Римский не смог принять непосредственное участие в богослужениях Страстной недели и символически повторить путь Иисуса Христа на Голгофу. Болезнь также не позволила Иоанну Павлу II покинуть Апостольский дворец во время Пасхальной мессы. Он благословил верующих из окна, но задыхался и не смог произнести ни слова.

30 марта Иоанн Павел II в последний раз появился на публике. На этот раз епископ Рима не смог даже поприветствовать верующих, собравшихся на площади Святого Петра. В этот день Иоанну Павлу II ввели зонд через нос в желудок для искусственного питания, поскольку у него появились серьезные проблемы с глотанием.

Примечательно, что ровно два года назад, комментируя решение Британского суда о праве безнадежных пациентов отказаться от поддерживающей жизнь терапии, Иоанн Павел II сделал заявление о том, что использование медицинского оборудования для поддержания жизни в некоторых случаях может быть «бесполезным и неуважительным по отношению к пациенту». «Жизнь человеческая конечна, и все мы смертны, -- сказал он. -- Требуется признать болезнь со здоровым реализмом, который не позволит рождать у пациентов иллюзию всесилия медицины». Понимая, что ему остались считаные дни, глава Римско-католической церкви отказался в последние дни от лечения в больнице и попросил оставить его под наблюдением врачей в апартаментах Апостольского дворца.

Вечером 31 марта состояние здоровья понтифика резко ухудшилось. Из-за урологической инфекции, также спровоцированной болезнью Паркинсона, резко поднялась температура, артериальное давление упало ниже критической отметки, нарушилась работа сердца и почек. По утверждению итальянских журналистов, в ночь на 1 апреля Папа впал в кому, однако официальные представители Ватикана опровергли эту информацию.

В ночь на пятницу над Иоанном Павлом II было совершено соборование. А в субботу в 21.37 по европейскому времени он скончался от септического шока и сердечного приступа. Иоанн Павел II умер в октаву Пасхи, что было трактовано верующими как знак свыше, свидетельствующий о богоизбранности этого человека.