Неутешительными для Министерства путей сообщения оказались итоги проверки Счетной палаты. По словам аудитора Михаила Бесхмельницына, проверка МПС показала, что министерство одновременно работало в трех направлениях: как орган исполнительной власти, действовало как монополист на российском рынке, а также являлось хозяйствующим субъектом, целью которого было получение максимальной прибыли. Аудитор считает, что в результате у министерства сложилась конфликтная ситуация с теми законами и нормативными актами, которые действуют на территории страны.

Так, по словам г-на Бесхмельницына, СП установила, что внебюджетные фонды были созданы в МПС с нарушением законодательства. Создание фондов, сказал аудитор, должно было решаться не на уровне министерства, а специальным постановлением правительства. Г-н Бесхмельницын сообщил также, что, проанализировав использование фондов по целевому назначению, аудиторы выявили: Западно-Сибирская железная дорога предоставила определенные льготы к тарифам в нарушение генеральных соглашений, заключенных между МПС и Кемеровской областью.

Кроме того, аудиторы Счетной палаты установили, что тендеры, которые проводило МПС по закупке подвижного состава и оборудования для капитального ремонта путей и вагонов, были проведены с нарушением законов. Заказы, по словам аудитора, размещались по предприятиям, относящимся к самой отрасли. В центре внимания аудиторов были также вопросы, связанные с организацией грузовых перевозок, в частности, перевозки угля, завоза товаров в районы Крайнего Севера, проверялась и реконструкция железнодорожной магистрали Москва--Санкт-Петербург. Как подчеркнул Михаил Бесхмельницын, СП намерена в ближайшее время рассмотреть вопрос об оправданности повышения тарифов на грузовые перевозки и цен на пассажирские билеты.